Serta masalah yang paling disorot pihak internasional yaitu pelanggaran-pelanggaran HAM sebelum maupun sesudah jajak pendapat.
Rekonsiliasi merupakan kata kunci bagi hubungan Indonesia-Timor Lorosae pada masa depan.
Akan tetapi, rekonsiliasi bukan sesuatu yang mudah karena ada begitu banyak pelanggaran HAM yang dilakukan TNI, baik ketika TNI untuk pertama kali masuk ke Timor Timur maupun selama 23 tahun Timor Timur berada di bawah pemerintahan Indonesia.
Hubungan baik dengan Timtim juga mutlak, terutama karena negara baru itu dapat menjadi pull faktor yang bisa mengancam disintegrasi Indonesia.***