Versi Komisi Penyelidik Nasional yang dibentuk pemerintah menyebut lebih dari 50 orang tewas, puluhan lainnya luka-luka.
Sedangkan versi masyarakat setempat dan jurnalis asing menyebut lebih dari 100 orang tewas dan puluhan lainnya menderita luka-luka.
Insiden tersebut membawa citra buruk Indonesia di mata internasional, terutama dalam kasus pelanggaran HAM yang dilakukan militer Indonesia di Timor Timur. (Arief Yulianto, 2002: 482).
Menurut dokumenter TV yang ditayangkan Historical Channel di New York pada bulan Juli 1999, 3.700 prajurit TNI dibunuh kelompok pro-kemerdekaan Timor Timur dalam kurun waktu 25 tahun.
Sementara itu, Mayjen TNI (Purn.) Theo Syafei, mantan Panglima Daerah Militer Udayana, mengatakan bahwa kira-kira 5.000 prajurit TNI dan 100.000 jiwa penduduk Timor Timur gugur selama operasi militer melawan Fretilin. The Jakarta Post, 8 september 1999. (Lela E. Madjiah, 2002: xvi)
Data lainnya mengenai pelanggaran HAM yang dilakukan militer Indonesia,misalnya, selama tahun 1998 terjadi peningkatan sebesar 22 persen dibandingkan tahun sebelumnya 1997, yaitu dari 513 kasus menjadi 656 kasus.
Menurut DJOC (Diocesan Justice and Peace Commission), kategori pelanggaran HAM yang terbanyak adalah penangkapan dan penahanan secara sewenang-wenang 50%, penyiksaan dan perlakuan tidak wajar 25%, dan penghilangan secara paksa 10%. (Arief Yulianto, 2002: 483)***